Gençlik yıllarında Yanya Mahkeme-i Şer'iyye'si katipliğinde bulunan Mustafa İsmet Efendi Hazretleri, Cenab-ı Hakk'ın gönüllerine yerleştirdiği muhabbet ateşi hararetini hissettirmeye başladığında Yanya'dan ayrılarak Mekke-i Mükerreme'ye gitmişler; Mevlana Halid-i Bağdadi Hz.leri hulefasından Abdullah-ı Mekki'ye intisab ile Nakşibendi yolu'na kudum kılmışlardır.

Şeyhinin vefatının ardından Edirne'ye gelmiş, daha sonra bir müddet de İstanbul'da Kocamustafapaşa semtinde ikamet etmiştir. Nihayet Çarşamba'daki konağı satın alarak Tekke olarak vakfetmiştir. İsmet Efendi'nin, müridlerine "Tekkeyi buldunuz ama galiba şeyhi kaybedeceksiniz" diyerek vefatını haber verdiği rivayet edilir. On altı sene kutbiyyet makamında bulunmuş bir mana eridir.

İsmet Efendi Hazretlerinin irşad faaliyetleri, bilhassa ulema ve mülkiye sınıfı nezdinde çok etkili olmuştur. II. Abdülhamid dönemi Dahiliye Nazırı Memduh Paşa'dan Tophane Müşiri Zeki Paşa'ya kadar devrin ileri gelenlerinin pek çoğu kendisinden feyz almıştır. Sultan Abdülmecid Han da İsmet Efendi'nin dervişlerindendir. Hatta vefatında İsmet Efendi Tekkesi civarında bulunan Sultan Selim Camii bahçesine defnedilmesini, her cuma akşamı tekkenin şeyhi olan zat ve on kadar dervişin gelerek türbesinde hatm-i hacegan okumalarını vasiyet etmiştir.

Rivayet edildiği üzere Mustafa İsmet Efendi 60 kadar zata hilafet vermiştir. Yetiştirdiği halifeleri Tokat'ta, Bandırma'da, Bursa'da, Rumeli'nin birçok yerinde hakikat çerağını uyandırmışlardır. "Allah'ım bana vadetti; yoldan geçerken bu tekkenin kapısından bir kere muhabbetle bakanları dahi unutturmayacak, onlara şefaat edeceğim" buyururlarmış.

İsmet Efendi'nin satın alarak dergah olarak vakfettiği Nurettin Paşa konağı yandığı için Hacı Ahmed Efendi'nin meşihati zamanında Memduh Paşa tarafından şimdi mevcut olan ahşap harem ve selamlık kısımları müceddeden inşa ettirilmiştir. Tevhidhane olarak kullanılan birer tonoz kubbeyle örtülü iki bölüme sahip Bizans yapısı kagir bina tekkelerin seddinden sonra uzun süre metruk kalmış, nihayet Ali Haydar Efendi'nin damadı ve vekili Osman Nuri Efendi tarafından Anıtlar Yüksek Kurulu'nun da izniyle minare ve son cemaat yeri ilave edilip ortasındaki duvar kaldırılmak suretiyle 1958 yılında camiye çevrilmiştir. Dergahın geniş bahçesini üç taraftan çevreleyen taş duvarlardan cümle kapısını da barındıran kuzey kısmı 1992'de yolu genişletmek için yıkılmış yerine beton bir duvar inşa edilmiştir. Duvar üzerinde yer alan içten tonoz kubbeli dıştan çatı ile örtülü Bizans yapısı sarnıç da aynı yıkımda ortadan kalkmıştır.

Hazirede İsmet Efendi'nin, küçük mahdumu Abdullah Bahaeddin Efendi'nin, tekkenin postnişinlerinleri Dimetokalı Şerif Kudsi Efendi, Edirneli Hüseyin Kudsi Efendi, Kutbü'l İrşad Zağralı Halil Nurullah Efendi ile Nevrakoplu Hacı Ahmet Hilmi Efendi'nin, Memduh Paşa'nın, İsmet Efendi'nin hulefasından ve rical-i Devlet-i Aliyye'den Ali Sırrı Efendi'nin, yine hulefadan Süleyman Remzi Bey'in, ihvandan ve huzur-ı hümayun hocalarından Ahmed Hulusi Efendi'nin ve eski kadılardan Tikveşli Süleyman Remzi Bey'in kabirleri bulunmaktadır.

Tekkenin son şeyhi Fatih dersiamlarından Ahıskalı Ali Haydar Efendi'dir. Dini ve manevi ilimlerde devrinin müstesna şahsiyetlerindendir. Memleketi Ahıska’da başlayan tahsil hayatı, akabinde zamanının en önemli ilim merkezlerinden biri olan Erzurum Bakırcı Medreselerinde devam etmiştir. Daha sonra İstanbul’a gelen Ali Haydar Efendi, Fatih Medreselerine intisab etmiştir. İlmi silsiledeki icazetini 1901 yılında Çarşambalı Ahmed Hamdi Efendi’den almış ve 1902’de Dersiam olarak ders vermeye başlamıştır. Bu arada Hukuk eğitimine devam etmiş ve 1906’da Medreset'ül-Kuzat’dan (Hukuk Fakültesi) mezun olmuştur. Daha sonra Fetvahane Fıkıh Müsevvidliği ve Sahn Medresesi Fıkıh Müderrrisliği vazifelerinde bulunmuştur. Huzur Dersleri başmuhatablığı gibi devrinin en mümtaz ilim meclislerinde yer alan Ali Haydar Efendi, aynı zamanda Mecelle Telif ve Tercüme Komisyonunun da üyesi idi.

Tasavvuftaki yetişmesi Bandırma’lı Bezzaz Ali Efendi’dendir. Kendisine intisab ettikten sonra, ‘kitap ötesi ilimde de’ temayüz etmiş ve 1914’de müridlerin reyi ve Meşihat Makamının tayini ile irşad makamındaki hizmetine Çarşamba’daki bu mekanda devam etme hakkı tanınmış, ancak bir haksız engel sebebi ile buradaki hizmete başlaması 1919’u bulmuştur.

Tevhid inancı’nın anlaşılması ve yaşanması konusunda her zaman İslam’ın özünü teşkil eden yaklaşımı esas alan Ali Haydar Efendi, “Allah’ın insanları dış görünüşleriyle değil, ancak salih amelleriyle değerlendireceği” ilahi gerçeğini her vesile ile vurgulamıştır. Tasavvuf yolunun asla kalabalık taraftar toplama faaliyeti olmadığını şu ifadesiyle anlatırdı: “Bu yol, en berrak ve leziz suların aktığı bir çeşmedir, susayan gelir içer. Şeyhlik makamı ise talep edilmez, ancak ihsan edilir”. İçi her daim Hakk ile dışı halk ile içiçe mütevazı bir hayatı vardı. 1960 Ağustos'unda vefat ederek Edirnekapı Şehitliğinde sırlanmıştır.

Günümüzün önde gelen alimlerinden Emin Saraç Hocaefendi de Ali Haydar Efendi Hazretlerinin talebesidir. Ali Haydar Efendi'nin Fatih Dersiamlığı makamında icra ettiği klasik İslami eserlerin okutulması geleneğini bugün devam ettiren Emin Saraç Hocaefendi, aynı zamanda Eksel'li Bahrullah Efendi Hz. yoluyla İsmet Efendi Hazretleri'nden feyz alan Erbaa'lı Merhum Üzeyir Efendi'nin torunu, merhum Osman Saraç Hocaefendi'nin ağabeyidir. Rahmetli pederi Mustafa Hocaefendi tarafından, biri kız diğerleri erkek diğer dört kardeşi ile birlikte tek parti dönemindeki en zor zamanlarda okutularak hafız yetiştirilen Emin Saraç Hoca daha sonra Mısır'daki El-Ezher Üniversitesi'ne gitmiş ve çok zor şartlarda orada ilim tahsil etmiştir. Ezher'den döndükten sonra İslami ilimler alanında pek çok çalışmalar yapan ve şu anda önemli mevkilere gelmiş yüzlerce talebe yetiştiren Emin Saraç Hocaefendi, Fi Zılali'l-Kur'an adlı büyük tefsiri Türkçe'ye çevirmiştir.

Emin Saraç Hocaefendi, gerek Ali Haydar Efendi'nin ilmi, tasavvufi ve insani yönlerinin tanınmasında ve gerekse bu mekanın tarihinin ve manasının anlaşılmasında başvurulacak en doğru canlı kaynaklardan birisidir.

Ali Haydar Efendi'nin vefatından sonra damadı Osman Nuri Efendi, 33 sene bu mekanın hem maddi hem de manevi hizmetini görmüş, bu mekanın gerçekten de "insan hamurunun Rahman'ın rızası yönünde yoğrulup şekillendirildiği" bir irşad merkezi olmasını temin etmiştir. 1993'te Nuri Efendi'nin vefatından sonra, bu mekanda Ezher Üniversitesi ulemasından ve milletvekilliği dahil pek çok devlet makamında vazife ifa etmiş olan damadı Osman Saraç Hocaefendi hizmette bulunmuştur.

Osman Saraç Hocaefendi'nin 1998'de vefat etmesinden sonra bu mekandaki hizmetlerin daha sistemli, sürekli ve yasal bir çerçevede sürdürülmesi gereğine binaen, Osman Saraç'ın iki mahdumunun da aralarında bulunduğu bu mekanın manası etrafında birleşen gerçek Bab-ı İsmet dostları tarafından "Yanyalı Mustafa İsmet Efendi Camii ve Müştemilatını Koruma, Eserlerini Araştırma ve Yaşatma Derneği" adı altında bir dernek kurulmuş, ve mekanın hem manevi hem de maddi değerlerini koruma ve geliştirme faaliyetlerine başlanmıştır.

Bu mekanın diğer bir önemli şahsiyeti de 15 Eylül 2001'de kaybettiğimiz Saide Nazlı Hanımefendi idi. Ali Haydar Efendi'nin kızı, Osman Nuri Efendinin zevcesi, Osman Saraç Hocaefendinin kayınvalidesi olan ve 84 yıllık hayatı boyunca Osmanlı'nın son devri ile Cumhuriyet tarihine tanık olan, babası Şeyh Ali Haydar Efendi vasıtası ile bir devrin kıymetli ve manevi şahsiyetlerini yakından tanıyan Saide Hanım, dergaha önemli hizmetlerde bulunmuş, sadece bu mekanın değil, İstanbul'un önde gelen hanımefendilerinden biri idi. 

Bu mekana gönül veren en uzun ve hayırlı ömürlü şahsiyetlerden Beşiktaş'lı Hüseyin Efendi ya da sevenlerinin tabiriyle "Hüseyin Baba", 2 Mayıs 2004 miladi tarihinde, Mevlid Kandili sabahı 106 yaşında Allah'ın rahmetine kavuştu. Hüseyin Efendi ibadet gayretinin, muhabbetin, basiretin, cömertliğin en seçkin bir örneği idi.

Bu mekanı ihya edip yukarıda zikredilen şahsiyetlerin hatırasını yaşatmayı hedef edinen derneğin yönetim kurulu ve üyeleri bu mekanın misyonuna inanmış tümü dini formasyona sahip, eğitim düzeyi yüksek, çeşitli meslek gruplarından gayretli insanlardan oluşmaktadır.